30 stycznia 2016 r. 11 naukowców z całego kraju (Warszawa, Kraków, Poznań, Opole, Piła, Łódź, Zduńska Wola), pod kierunkiem Maurycego Ignaczaka z Ogólnopolskiego Towarzystwo Ochrony Nietoperzy, policzyło nietoperze zimujące w Szachownicy. Było to pierwsze z dwóch badań monitoringowych zaplanowanych w tym roku.

Tym razem zliczono 2 280 osobników nietoperzy z 9 gatunków. Dominowały jak zwykle w tym obiekcie nocki Natterera oraz nocki duże. Tych ostatnich zanotowano rekordową liczbę, ponad 720 osobników. Nie zabrakło gatunków rzadkich w skali kraju, które regularnie hibernują w Szachownicy. Obserwowano nocki łydkowłose  oraz nocki Bechsteina.

Jaskinia jest stanowiskiem objętym Państwowym Monitoringiem Środowiska, gdzie kontrolowany jest stan czterech gatunków nietoperzy i ich siedliska zimowania. Prócz wymienionych nocków: dużego, Bechsteina i łydkowłosego w ramach PMŚ monitorowany jest również licznie zimujący w Szachownicy mopek.

Badania monitoringowe w tym obiekcie prowadzone są nieprzerwanie od 1981 r. Zarejestrowana tym razem ogólna liczba nietoperzy, należy do najwyższych spośród notowanych na przestrzeni 35 lat. Również skład gatunkowy, jakościowo i ilościowo, nie odbiega od średnich obserwowanych w ostatnich latach. Wydaje się, że przeprowadzone roboty projektu LIFE+ nie spowodowały żadnych negatywnych zmian dla zimowania nietoperzy w Szachownicy. Obserwacje będą kontynuowane.